Obavezno nošenje oznake na odjeći propisano je prvo za Židove u Poljskoj u studenom 1939., a kasnije i u Njemačkoj i drugim državama. Židovi su ponovo smješteni u posebne izolirane dijelove gradova (geta), od kojih je najveći bio u Varšavi; tamo je došlo i do jedinog organiziranog i masovnog otpora Židova.

 Ujesen 1941. počela je realizacija plana, da se svi Židovi iz Njemačke i zaposjednutih područja srednje i zapadne Europe deportiraju na istok. Židovi su prikupljani i transportirani vlakom u stočnim vagonima; tisuće su pritom umrle. Taj je plan ubrzo bio zaustavljen odlukom o "konačnom rješenju" tj. fizičkom likvidacijom svih Židova u Europi. Plan je na tajnoj konferenciji u Berlin-Wannseeu 20. siječnja1942., (Konferencija u Wanseeu) izložio SS-Obergruppenführer Reinhard Heyndrich, šef Sigurnosne policije i Sigurnosne službe. On je bio osobno od Hitlera ovlašten da provede taj plan; svim državnim službama bilo je naređeno, da sudjeluju u istrebljenju pod vodstvom SS-a. Određeno je da svi nesposobni za rad trebaju biti odmah ubijeni, a drugi odvedeni na prisilni rad pod minimalnim životnim uvjetima sve, dok ne umru od iscrpljenosti. Kao oblik masovnih likvidacija naređeno je ubijanje plinom i strijeljanje. Nakon Heyndrichove pogibije (u atentatu u Češkoj) provođenje plana preuzeo je Adolf Eichmann.

Na temelju te odluke osnovani su posebni koncentracijski logori, logori smrti (za razliku od radnih logora, u kojima su zbog surovog postupka također tisuće umirale). Ponajviše su osnovani na području okupirane Poljske: Auschwitz (Oswiencim), Birkenau (Brzezinka), Treblinka, Mauthausen, Majdanek, Sobibor, Izbica i drugi. Kada je sovjetska vojska tijekom 1944., zaposjela Poljsku, likvidacije su nastavljene u logorima na njemačkom tlu: Dachau, Berge-Belsen i Buchenwald. U rujnu 1944., Heinrich Himmler izdaje naređenje, da se prestane s likvidacijama. Međutim, do oslobađanja od strane Saveznika, još su desetine tisuća umrle u logorima od gladi i zaraza.

SS-a

Dio deportiranih, najčešće žene, djeca i starci, pri dolasku u logore je odmah ubijen, dok je dio privremeno ostavljen na životu kao robovska radna snaga; dio bi umro od iscprljenosti, a ostali su kasnije također ubijeni. U prvo su vrijeme žrtve, ukoliko ih nisu strijeljali na stotine i tisuće, ubijane pomoću ispušnih plinova kamiona u vožnji: pedesetak bi bilo nabijeno u hermetički zatvoren prostor u koji je bila prespojena ispušna cijev, tako da bi se svi pogušili. Kasnije je masovno ubijanje usavršeno: tvrka DEGESCH – Njemačko društvo za borbu protiv štetočina – isporučivala je brzodjelujući plin ciklon-B. Pomoću ovog plina krvnici iz SS-a organizirali su "racionalno" masovno ubijanje u željezničkim vagonima ili u prostorijama kamufliranim kao kupaonice s tuševima. To je omogućavalo da se prevarene žrtve same svuku pa su im tako oduzete i odjeća i razne sitnice, koje su još posjedovali. Nakon smrti, prije bacanja u peći za spaljivanje, čupani su zlatni zubi. Od zubnih proteza, nakita i prstenja dobiveno je 17 tona zlata.

Uz ubijanje u logorima, sustavno istrebljenje Židova i drugih provodile su posebne jedinice, tzv. SS-Einsatzgruppen, organizirane u sastavu svake pojedine njemačke armije za djelovanje u pozadini; u njima su sudjelovali i litvanski, latvijski, bjeloruski i ukrajinski pomoćni policajci. Osim odvođenja i likividacije u logorima, organizirali su i pojedinačna i masovna strijeljanja na raznim mjestima.

Cijeli je proces, nakon spomenute Heyndrichove pogibije, bio u nadležnosti Adolfa Eichmanna, koji je pokazao velike organizacijske sposobnosti i bitno doprinio da ubijanje ide sve brže i sve efikasnije. Bez obzira na njegove napore, Holokaust je s vremenom ipak počeo crpiti velike logističke resurse Reicha i tako posredno utjecati na situaciju na bojnom polju. To je, po nekim ocjenama, bio jedan od razloga zašto zapadni saveznici i SSSR, iako su raspolagali podacima o tome što se događa, nisu uložili bitne napore u cilju zaustavljanja Holokausta, koji se nastavio sve do samog kraja rata, odnosno sloma nacističke Njemačke.

U Jasenovcu, jedinom logoru smrti u Europi koji nije bio pod njemačkom upravom, ubijeno je, uz ostale, oko 13.000 Židova i 10.000 Roma.

Holokaust je iza sebe ostavio trajne posljedice. Računa se da je u njemu ubijeno 5.29 do 6 milijuna Židova, odnosno trećina svih Židova koji su prije rata živjeli u svijetu. Demografska slika u Europi se bitno promijenila, pogotovo u Istočnoj i Srednjoj Europi, gdje su židovske zajednice prestale postojati. Najveći dio preživjelih je odlučio emigrirati u SAD, odnosno u Palestinu, gdje je stvorena židovska nacionalna država Izrael.

Romi su druga grupa koja je bila objekt genocida. Broj njihovih žrtava teško je procijeniti: iznose se brojke između 220.000 i 800.000, što iznosi između četvrtine i polovice njihovog ukupnog broja u Europi.

Sa svim drugim grupama koje su sustavno istrebljivane, broj žrtava holokausta (u širem smislu riječi, ne uključujući samo Židove) obično se procjenjuje na devet do 11 milijuna, iako neke procjene idu i do 26 milijuna.

Slično kao i prvi svjetski rat, Holokaust je predstavljao veliki šok za tadašnju zapadnu civilizaciju. Mnogi su se teško mirili s time da je ubijanje u takvom opsegu i s takvom razinom bešćutnosti moguće u 20. stoljeću, pogotovo kada dolazi od strane tako napredne, prosvijećene i civilizirane države kao što je Njemačka. Još se teže bilo pomiriti s činjenicom, da su u svrhu tog projekta korištena najmodernija dostignuća znanosti.

Zato se Holokaust često opisuje kao jedinstveni događaj u svjetskoj povijesti, odnosno odgovornost za njega se pripisuje ograničenom broju ljudi – najčešće samom Adolfu Hitleru i uskom krugu njegovih pristaša – i specifičnom spletu okolnosti za koje je malo vjerojatno, da će se ikada ponoviti.

Dan sjećanja na holokaust danas se obilježava u SAD-u i u svim europskim državama. Veliki značaj ima United States Holocaust Memorial Museum otvoren u Washingtonu u travnju 1993., na dan početka ustanka u Varšavskom getu.

Znak